شورای عالی فضای مجازی در نخستین جلسه خود در سال ۱۳۹۵ به ریاست رییس‌ جمهور، موضوع شوراهای عالی موازی با شورای عالی فضای مجازی را بررسی کرد.
حجت الاسلام حسن روحانی در جلسه شورای عالی فضای مجازی که عصر شنبه در دفتر رییس‌ جمهور و با حضور رییس قوه مقننه و سایر اعضای شورای عالی فضای مجازی تشکیل شد، با تبریک سال نو، بر اهمیت و ضرورت توجه ویژه به فضای مجازی تأکید و اظهار امیدواری کرد که در سال ۹۵ گام‌های مؤثرتر و مناسبتری در عرصه فضای مجازی برداشته شود.

در جلسه شورای عالی فضای مجازی تصویب شد که شورای عالی انفورماتیک، شورای عالی اطلاع‌رسانی و شورای عالی امنیت فضای تبادل اطلاعات (افتا)، منحل شده و کلیه وظایف راهبردی، سیاستگذاری، نظارت و هماهنگی آنها در سطح ملی به شورای عالی فضای مجازی منتقل شود.

همچنین اعضای شورای عالی فضای مجازی، تصویب کردند که تمام وظایف راهبردی، سیاستگذاری، نظارت و هماهنگی شورای عالی فناوری اطلاعات در سطح ملی به شورای عالی فضای مجازی منتقل شده و شورای عالی فناوری اطلاعات با تغییر نام به شورای اجرایی فناوری اطلاعات در چارچوب سیاست‌های کلی نظام و مصوبات شورای عالی فضای مجازی فعالیت نماید.

در بیست و هشتمین جلسه شورای عالی فضای مجازی همچنین گزارشی از فعالیت پیام‌رسان‌های برخط، در دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی و خبرگان رهبری در اسفند ۹۴ و عملکرد وزارتخانه‌ها و ارگان‌های مسئول، ارایه گردید.در این جلسه همچنین بر رسیدگی به تخلفات فضای مجازی در حوزه تبلیغات انتخاباتی و موارد خلاف شئونات اخلاقی در مراجع ذی‌صلاح تأکید شد.